Consanguinité et conséquences génétiques

Rappel du premier message :

Salut à tous, j'ai il y a quelques temps j'avais fait un petit texte sur la consanguinité après une prise bec, et je me rends compte que je ne l'avais jamais posté ici... comme hier on m'a ressorti que la consanguinité n'existait pas chez les reptiles, voilà :

Un petit avertissement toutefois, ce calcul n'est valable QUE pour la reproduction SEXUEE, c'est-à-dire que la descendance est issue de la division puis de la fusion des génomes des parents.

Introduction
- Dans les calculs suivants, on nomme "q" la prévalence d'un allèle d'un gène, et "p" son contraire. C'est à dire que si q=0,5, 50% de la population peut présenter cet allèle. Un allèle est une version d'un gène, comme "avoir les yeux verts" est l'allèle pour le gène "couleur des yeux".
- Dans une population donnée, le nombre d'homozygotes pour cet allèle est de q², le nombre d'homzygotes "inverse" est de p², et le nombre d'hétérozygotes de 2pq
- La consanguinité, appelée F, et exprimée aussi sur 1, représente le %age de gène en commun entre les deux individus qui se reproduisent. Par exemple, si un individu se reproduit avec son clone, F=1. Avec son demi-frère ou sa demi-soeur, F=0,25. Avec son père ou sa mère, F=0,5. Avec un cousin germain, F= 0,0625.

Fond du problème
Le fond du problème, c'est que dans une population constante et infinie, on a p²+2pq+q²=1, si les reproductions se font au hasard.
En cas de consanguinité, les reproductions ne se font PLUS au hasard des gènes (par définition), et les hétérozygotes vont diminuer d'un facteur 1-F, et aux q² homozygotes vont s'ajouter les Fpq nouveaux homozygotes.

Par exemple, pour une tare génétique récessive portée par un animal sur 1.000, donc dont la prévalence est de 0,001.

Dans une population sans consanguinité particulière : il y
q²= 0,000001, c'est-à-dire 1 animal sur 1 sur 1.000.0000

Dans une population où on accouple un demi-frère avec une demi-soeur :
la nouvelle prévalence est de :
q²+pqF= 0,000001 + 0.00024975=0,00025075

Le nombre d'animaux présentant cette tare est multiplié par 250,75........................................
C'est à dire 1 animal sur 3988 environ.


Après, plus la tare est rare, plus la consanguinité augmente vite la prévalence. Plus elle est fréquente, moins ça augmente vite.

Pour la même prévalence, si on croise Parent-enfant : la multiplication est par 500 ; entre cousin germain simple, par 125.

Par un seul simple croisement demi frère-soeur, vous venez d'augmenter d'un facteur 250 le nombre d'animaux atteints d'une tare génétique récessive.

Il faudra introduire 250 (EDIT : coquille : ) 8 fois des animaux n'ayant aucune tare (donc pas de porteur hétérozygote, avec certitude), pour effacer les effets de votre reproduction. Or pour que cela n'arrive pas il faut tester tout le monde, sinon vous avez une chance sur 1000 de devoir tout reprendre à zéro.


Remarques
On parle d'une population infinie et dont les reproductions se font au hasard. Si la population est restreinte, la consanguinité est automatiquement bien plus forte, même avec des croisements au hasard. D'autre part, comme il n'y a pas qu'une seule personne qui fait de la consanguinité dans ce bas-monde...c'est bien pire.
Cette démonstration ne tient pas compte d'un certain nombre de choses, en particulier, on parle d'une population "sans consanguinité" au départ, ce qui n'est pas du tout le cas....on ne parle pas des "gènes liés", dont je ne connais pas forcément d'exemple en terrario, mais qui concerne les gènes présents à une distance proche sur le même chromosome. Par exemple, chez les chats Manx, le gène "sans queue" est lié à un gène léthal qui fait que les homozygotes ne se forment même pas ou peu dans le ventre de la mère....
Il est bien évident que je reste à disposition par MP ou autre pour expliquer ou détailler ce sur quoi je n'aurais pas été clair....

Ouf ça se confirme... il y a surement d'autres raisons, notamment que les insectes sont bien faits et s'adaptent facilement, même mutés, et d'autre part je suis tout sauf un pro des insectes, mais voilà....

D'où l'intérêt pour ceux qui reproduisent des insectes pour la bouffe, d'introduire de temps en temps une nouvelle souche...ça évite entre autres que les générations trop consanguines ne deviennent stériles

J'ai pu observer ça avec l'élevage de souris, si on ne fait que reprendre les jeunes et leur descendance issus des mêmes portées, la repro s'essoufle très vite...

*

Dis-nous quand tu auras des nouvelles

Salut les dragons,
Je lis souvent vos messages mais sur ce point bien précis, j'ai l'envie de développer un peu le sujet car il me semble que dans votre passion vous "égare" un peu.
Définissons ensemble le terme consanguinité:

La consanguinité.
La pratique de l'élevage en consanguinité, c'est à dire la reproduction entre sujets apparentés, a presque toujours des effets défavorables.Pourtant il est encore de nombreux éleveurs qui croient que l'élevage consanguin permet de fixer et d'améliorer les points forts de leur cheptel.
-une idée que les faits démentent pourtant beaucoup plus souvent qu'ils ne la confirment.
Il arrive par ailleurs que les accouplements entre animaux apparentés se produisent par hasard.
Il importe donc d'examiner ce sujet d'un peu plus prés, même si l'élevage consanguin n'est pas un pratique à recommander dans le cadre de la reproduction d'animaux domestiques.

On peut largement tomber d'accord sur ce principe et cette définition, cependant il ne s'agit pas de savoir si l'on travaille en consanguinité mais plutôt de savoir ou l'on en est.
Un gars qui va acheter un reptile à un particulier et/ou un magasin spécialisé a t' il un "état de l'ascendance de celui ci non et re non sauf peut être quelques cas particuliers.
Pour prendre un exemple concret parlons R. Cilatus:
Les animaux origine qui furent illégalement exportés de NC furent enlevés par des scientifiques qui en firent un "buisness" et les rares documentations qu'ils laissèrent derrière eux laissent supposer qu'ils étaient en consanguinité déjà très rapproché au vu de la promiscuité géographique des captures.
Tout ça pour dire que si la consanguinité était un facteur limitant, il est fort possible que vous n'auriez plus ces animaux.
Alors comment expliquer la chose et/ou comment se poser les bonnes questions. Encore une petite définition:

Certains des grands éleveurs des deux siècles derniers précédent qui ont mis au point quelques-unes des races des plus connues aujourd'hui ont pensés qu'il était possible de fixer les bonnes caractéristiques des animaux intéressants avec des individus étroitement apparentés ou en augmentant la proportion de sang provenant d'un reproducteur donné (élevage en consanguinité restreinte).
Nombre des caractères qui retenaient l'attention de ces sélectionneurs étaient faciles à contrôler visuellement et présentaient une héritabilité forte pourtant le succès de ces pionniers et l'excellente dont jouissaient les meilleurs d'entre eux à cette époque furent renforcés par les bonnes performances des animaux dans d'autres élevages.
Des reproducteurs issus d'un élevage consanguin produisent en effet lorsqu'ils sont accouplés à des animaux sans lien de parentés avec eux une descendance qui non seulement n'est pas elle même consanguine mais qui est par ailleurs susceptible d'exhiber une certaine valeur hybride.

J'attire votre attention sur la dernière phrase de plus il faut savoir que dans une montée progressive en consanguinité, les allèles délétères sont progressivement éliminés, alors que dans une montée rapide, et dans une petite population, il est possible qu'ils fassent blocage en provoquant l'élimination d'un pourcentage trop important de repros, trop vite. Ceci dit, ça reste à vérifier.
Bon, maintenant si vous êtes open on peu parler de fixer un phénotype particulier en utilisant ce facteur qu'est la consanguinité on y va
A+

C'est très intéressant comme raisonnement... et comme débat

Citation :

Tout ça pour dire que si la consanguinité était un facteur limitant, il est fort possible que vous n'auriez plus ces animaux.

Pas forcément : les effets délétères d'une trop forte consanguinité peuvent être difficilement décelables, par exemple quand il s'agit de la longévité de l'animal...
Et ce qui s'applique par exemple à des mammifères ne s'applique peut-être que partiellement à d'autres groupes zoologiques... mais comme c'est notre seul point de comparaison, admettons-le, avec réserves...

C'est sûr que pour fixer une race, les éleveurs pratiquent une consanguinité volontaire et + ou moins contrôlée selon le sérieux de l'éleveur...
On fixe effectivement, du moins chez les mammifères, des facteurs considérés par le sélectionneur comme un avantage à conserver. J'insiste sur le point de vue, qui n'est pas celui de l'animal, mais bien celui du sélectionneur : beauté, taille, caractères morphologiques particuliers pour les chiens et chats par exemple, productivité et résistance naturelle à certaines maladies, rusticité etc. pour les vaches laitières, les céréales par exemple etc...

Un des soucis est qu'on ne maîtrise absolument pas les caractères non visibles fixés également par la sélection et la consanguinité, même avec une cartographie génétique (encore faut-il savoir à quoi servent les gènes fixés même si on reconnait leur séquence !), ce qui n'est pas à la portée de tous les élevages loin s'en faut.
Alors on se retrouve avec, par exemple, de magnifiques pur-sangs capables d'atteindre des vitesses de pointe ahurissantes pour des chevaux, aux formes magnifiques mais de santé extrêmement fragile par rapport à une race plus rustique ou un cheval "sans papiers" !
On se retrouve avec des cockers golden superbes, canons de la beauté de leur race, mais avec pour beaucoup une agressivité naturelle plus élevée que chez les autres robes de la même race...
On se retrouve avec des vaches laitières sélectionnées (je ne parle toujours pas des manipulations génétiques, hein !) avec soin pour avoir une production de lait proprement ahurissante, et des pis sur-développés, à tel point qu'ils traînent littéralement par terre ce qui expose la bête à des mammites bien plus fréquentes qu'une vache aux pis "normaux"...

Bref, si on peut trouver des raisons à pratiquer une consanguinité volontaire dans les élevages, on s'expose à des risques et des effets collatéraux absolument pas maîtrisés. Oui on peut éliminer les sujets porteurs de tares visibles. Mais quid des tares invisibles, ou portant sur la longévité ? Quels éleveurs d'animaux - phasés ou non mais chez les premiers c'est encore plus criant - pour en revenir aux reptiles étudie réellement et statistiquement les effets de sa sélections sur la longévité de ses créations ?

Enfin, si effectivement en animalerie on n'a aucune info sur la génétique de l'animal qu'on achète, chez les éleveurs particuliers ce n'est pas aussi vrai. Il est de la responsabilité de chacun de demander e plus d'infos sur les parents et les grand-parents des animaux qu'on achète dans un but reproductif... Je tiens un petit fichier excel avec toutes les infos que les éleveurs de mes ciliatus m'ont fournies, avec par exemple les nationalités des éleveurs des parents de mes petits, quand le nom n'est pas disponible, les photos des parents etc.

A notre niveau, c'est jouer avec le feu que de vouloir délibérément concentrer la consanguinité des espèces que nous maintenons...

A+
Fenchurch

A notre niveau, c'est jouer avec le feu que de vouloir délibérément concentrer la consanguinité des espèces que nous maintenons...

Bien sur et de toute façon il en est de même dans n'importe quel élevage d'agrément ou pas mais comme l'a souligné l'auteur de ce topic, les reptiles n'échappent pas à la règle et au grandes lois de la génétique.
Maintenant je ne suis pas très d'accord avec la définition qu'il donne sur les proportions consanguines.
Le problème c'est que pour une meilleure "approche" de ce problème il ne faut pas que celui ci devienne "tabou" car on peut s'en servir dans le cadre d'une sélection précise et contrôlée.
Ce qui est sur, c'est que faire reproduire des individus hétérozygotes entre eux entraine la dispersion des génotypes et une augmentation concomitante de la variabilité. Dans le cas contraire la reproduction entre des individus homozygotes de même type entraine une uniformisation génétique.
Donc pour faire simple, des animaux étroitement apparentés tendent à avoir des allèles en commun et, s'ils sont accouplés, la proportion des homozygotes s'en trouvera augmentée.
Ce que je trouve intéressant c'est quand tu dis que tu maintiens à jour un tableau avec les ascendants et descendants de ton élevage perso tous vos membres devraient en faire de même mais le taux origine de consanguinité (pour rester sur R.C) n'est pas connu.
En agissant ainsi on peut dire que tu tiens les registres de ta lignée et que dans ton cas l'utilisation d'une consanguinité contrôlée pourrit apporter une valeur hybride.
Il faut savoir aussi que l'hétérozygotie peut en soi constituer un avantage (superdominance) et pas parce que de bons allèles en dominent parfois de moins bons. Certaines expériences ont prouvé que des sujets hétérozygotes tendent à mieux résister à divers stress environnementaux tandis que les homozygotes au contraire y sont plus vulnérables.
J'ai pu lire sur un autre forum que certains s'amusent à croiser des animaux en très forte consanguinité dans le but de fixer un phénotype particulier et au joie en F1 ils obtiennent un résultat probant .
Vous devriez faire un petit cour sur l'expression génétique à ces apprentis sorciers.
Maintenant sans être pour ou contre sur ce sujet, un éleveur comme toi qui tient à jour sa "lignée" peut se permettre de tenter le coup avec précision intelligence afin peut être de "créer" un nouvelle "race" d'élevage en utilisant avec parcimonie les "avantages" de la consanguinité.
A+

Chris NC a écrit:

Maintenant sans être pour ou contre sur ce sujet, un éleveur comme toi qui tient à jour sa "lignée" peut se permettre de tenter le coup avec précision intelligence afin peut être de "créer" un nouvelle "race" d'élevage en utilisant avec parcimonie les "avantages" de la consanguinité.
A+

Ben justement....c'est pour ce genre de phrase que j'ai créé ce post..

Citation :

Par un seul simple croisement demi frère-soeur, vous venez d'augmenter d'un facteur 250 le nombre d'animaux atteints d'une tare génétique récessive.

Il faudra introduire 250 fois des animaux n'ayant aucune tare (donc pas de porteur hétérozygote, avec certitude), pour effacer les effets de votre reproduction.

C'est ça le plus important...à mon sens un simple gain phénotypique ne peut excuser le fait de créer une sous-population dont les tares sont multipliés par de telles valeurs, surtout lorsque l'outbreeding (le fait de croiser avec des individus non apparentés et non porteurs de tares avec certitude !) ne permet pas d'épurer efficacement ces nouvelles lignées...

P.S.: lorsque tu dis plus haut que tu n'es pas d'accord avec ces proportions c'est de la génétique des populations, si on me trouve une seule référence en génétique quantitative qui invalide mon calcul, je veux bien en discuter, mais ça m'étonnerait....après si ce sont simplement les valeurs exemples, changes-les, le principe sera le même...

- La consanguinité, appelée F, et exprimée aussi sur 1, représente le %age de gène en commun entre les deux individus qui se reproduisent. Par exemple, si un individu se reproduit avec son clone, F=1. Avec son demi-frère ou sa demi-soeur, F=0,25. Avec son père ou sa mère, F=0,5. Avec un cousin germain, F= 0,0625.

Et j'en rajoute, deux grands-parents en commun 0.0625, un grand parent en commun 0.0313.
Là où tu te trompe c'est que F dans le cas dont tu parle n'est pas la consanguinité mais son coefficient.
Il faut donc partir d'un point ou l'on peut admettre que la consanguinité est nulle on le nommera F=0, mais pour cela (au risque de me répéter) on ne peut calculer le coef de consanguinité que si sa généalogie est connue avec précision.
Si tu veux calculer la formule est: F=somme des (1/2)n(1+FA)
n est le nombre d'individus qui relient, le long de la chaine de parenté des deux parents de l'animal (en passant par leur ancêtre commun et tous les intermédiaires) et FA le coef de consanguinité de cet ancêtre commun.
Si tu ne le connais pas tu considère F=0.
Je te rappelle aussi que l'on peut utiliser cette méthode pour rester en line-breeding je vais pas quand même développer.
Quand tu parles des introductions des 250 animaux c'est un peu léger comme raisonnement dans l'optique ou il n'y a aucun raisonnement de fond tant sur l'espèce que sur sa généalogie.
Pour info certaines races sont maintenues en taux de 20% de consanguinité sans problème et sur seulement 25 couples.
Cordialement.

Chris NC a écrit:

Le problème c'est que pour une meilleure "approche" de ce problème il ne faut pas que celui ci devienne "tabou" car on peut s'en servir dans le cadre d'une sélection précise et contrôlée.

Je suis d'accord qu'il ne faut pas de tabou, mais pour discuter de ce point il faut (outre une bonne foi de tous les participants, à mon avis nécessaire dans tout débat ), certaines connaissances de base en génétique mendelienne, génétique des populations et aussi (et ce n'est pas mon cas) maladies génétiques ou à composante au moins partiellement génétique...

Chris NC a écrit:

Donc pour faire simple, des animaux étroitement apparentés tendent à avoir des allèles en commun et, s'ils sont accouplés, la proportion des homozygotes s'en trouvera augmentée.

yes, et avec toutes les conséquences, mauvaises ou pas, de l'homozygotie - en gardant à l'esprit qu'effectivement normalement dans une population sauvage tous les individus sont homozygotes et + ou moins consanguins selon la taille et l'isolement de la population...

Chris NC a écrit:

Ce que je trouve intéressant c'est quand tu dis que tu maintiens à jour un tableau avec les ascendants et descendants de ton élevage perso tous vos membres devraient en faire de même mais le taux origine de consanguinité (pour rester sur R.C) n'est pas connu.
En agissant ainsi on peut dire que tu tiens les registres de ta lignée et que dans ton cas l'utilisation d'une consanguinité contrôlée pourrait apporter une valeur hybride. [...] Maintenant sans être pour ou contre sur ce sujet, un éleveur comme toi qui tient à jour sa "lignée" peut se permettre de tenter le coup avec précision intelligence afin peut être de "créer" un nouvelle "race" d'élevage en utilisant avec parcimonie les "avantages" de la consanguinité.

Justement, le taux de consanguinité originelle n'est pas connu, et mes infos de lignée ne vont pas très loin ! Je ne remonte qu'aux parents de mes reproducteurs, et parfois aux éleveurs des grands-parents, ce qui est extrêmement insuffisant : aussi bien un des grand-parents est un ancêtre commun d'un de mes reproducteurs !
Le taux de consanguinité chez R.c. n'est pas connu, mais on évalue le nombre total d'individus importés (et constituant donc le pool génétique de l'élevage) à une soixantaine, on sait donc que globalement dans l'élevage mondial, cette consanguinité est élevée. De plus, les pathologies des reptiles ne me semblent pas être les plus étudiées, encore moins en ce qui concerne les maladies génétiques... Bref, c'est clair que pour moi il est impensable d'essayer de créer quoi que ce soit (et encore moins une nouvelle "race") j'essaie d'avoir les infos généalogiques de mes lézards justement pour éviter tant que possible de croiser des parents trop proches (car malheureusement on peut sans doute considérer maintenant que tous les ciliatus d'élevage sont apparentés... à un degré variable mais plus proche que leur population d'origine...

Chris NC a écrit:

Pour info certaines races sont maintenues en taux de 20% de consanguinité sans problème et sur seulement 25 couples.

Effectivement les effets de la consanguinité sont variables selon les espèces, et aussi selon les gènes concernés... chose qu'on ne connait ni ne maîtrise en terrario...
Et puis pour reprendre mes exemples chez les mammifères, fixer un caractère intéressant par consanguinité contrôlée (on ne peut pas le faire autrement, hors génie génétique d'ailleurs) apporte quand-même son lot inconnu et non maîtrisable d'autres caractères fixés concomitamment et involontairement, parfois des caractères non souhaitables... Ce qui est vrai pour les mammifères doit l'être aussi pour les reptiles, après, ce qu'on ignore, c'est le degré d'impact pour chaque espèce...
A+
Fenchurch

Chris NC a écrit:

Là où tu te trompe c'est que F dans le cas dont tu parle n'est pas la consanguinité mais son coefficient.

On est d'accord, mais je simplifie, donc j'évite de surcharger. En tout état de cause, c'est F qui exprime l'effet de la consanguinité dans la formule...

Citation :

Il faut donc partir d'un point ou l'on peut admettre que la consanguinité est nulle on le nommera F=0, mais pour cela (au risque de me répéter) on ne peut calculer le coef de consanguinité que si sa généalogie est connue avec précision.
Si tu veux calculer la formule est: F=somme des (1/2)n(1+FA)
n est le nombre d'individus qui relient, le long de la chaine de parenté des deux parents de l'animal (en passant par leur ancêtre commun et tous les intermédiaires) et FA le coef de consanguinité de cet ancêtre commun.
Si tu ne le connais pas tu considère F=0.

C'est très joli, mais dans le cas présent je parle d'un cas connu de reproduction entre deux consanguins DIRECTS. Je ne complique pas inutilement la chose en disant que les parents de ces consanguins sont déjà eux-mêmes consanguins. Je parle du cas particulier de l' "éleveur" qui a deux individus supposés non consanguins, qui reproduit entre elle leur progéniture. Donc je ne vois pas pourquoi tu te compliques à parler de ça...

Citation :

Je te rappelle aussi que l'on peut utiliser cette méthode pour rester en line-breeding je vais pas quand même développer.
Quand tu parles des introductions des 250 animaux c'est un peu léger comme raisonnement dans l'optique ou il n'y a aucun raisonnement de fond tant sur l'espèce que sur sa généalogie.

C'est pourtant simple...pour rediminuer d'un facteur 250 la prévalence d'une tare dans une population, il faut reproduire l'ensemble de la population 250 fois avec des individus complètement exempts de tares. Dans ce cas là, soit tu restes sur ce raisonnement simple, soit tu te cantonnes à la réalité et tu sais que ce genre de reproduction dans la population captive est impossible et tu en tires la conclusion qui s'impose d'elle-même : une fois un croisement consanguin effectué en captivité, il est impossible de retrouver dans sa descendance un taux de tares aussi faible que dans la population originelle....

Citation :

Pour info certaines races sont maintenues en taux de 20% de consanguinité sans problème et sur seulement 25 couples.
Cordialement.

Oui....tout à fait...on l'a dit pour les chevaux, les bovins, les caprins, les ovins, les chiens, les chats, les oiseaux, les reptiles. Sauf que ça fait un bon nombre d'années maintenant qu'on sait qu'on se fourre le doigt dans l'oeil avec de telles assertions. Même les loups de l'Isle Royale sont tarés au dernier degré...
Et, en l'occurence, les quelques éleveurs, notamment de PR, qui font un suivi d'élevage avec leurs vétos se sont rendu compte que la santé et la durée de vie de leurs bestioles augmentent drastiquement rien qu'en évitant des consanguinités légères.
Donc en fait ton "pour info" est faux. Sans compter qu'avec 25 couples il est mucho mucho difficile de rester à 20% de consanguinité. Pour ne pas dire complètement impossible.

Re,
Je dois vraiment mal m'exprimer et/ou nous ne parlons pas le même langage.
Quand je dis 25 couples, c'est que chaque reproducteur sélectionné pour une nouvelle série vient d'une famille dont la généalogie est parfaitement connue et contrôlée.
Tu relances tes calculs Gwal ??
Vous parlez systématiquement d'animaux domestiques et particulièrement des mammifères, ai je prononcé une seule fois ce mot ?
Je bosse depuis de nombreuses années sur un hermaphrodite (protandrie successif) ce qui ne me facilite pas la chose car je ne peux "mesurer" certains paramètres comme l'effet maternel mais qui pourraient vous aider à comprendre certains "effets consanguins" chez vos animaux de compagnie de plus je consulte assez régulièrement de la documentation sur les reptiles ainsi que l'avis de certains de vos "spécialistes" avec qui je vais souvent en forêt.
Donc encore une fois de plus même dans le cadre d'un élevage "d'agrément" vous devez suivre votre lignée et mesurer votre consanguinité sinon vous n'êtes que dans des suppositions "stériles" qui ne vous permettrons d'avancer.
Ce n'est pas un reproche simplement une constatation.
Bon gwal pour relancer tes calculs voici un "vieux" texte sur les "pleins frères" tu vas voir que les combinaisons sont multiple.
Bonne lecture

http://www.biomedcentral.com/content/pdf/1297-9686-6-3-345.pdf

A+

EDIT Fenchurch : voilà, le message apparaît maintenant, c'était la balise [/url] qui manquait

Je ne vois pas ton message mais quand on le cite il apparaît (et connaissant le fonctionnement habituel des foras dès que j'aurai répondu il sera lisible...

Chris NC a écrit:

Re,
Je dois vraiment mal m'exprimer et/ou nous ne parlons pas le même langage.
Quand je dis 25 couples, c'est que chaque reproducteur sélectionné pour une nouvelle série vient d'une famille dont la généalogie est parfaitement connue et contrôlée.
Tu relances tes calculs Gwal ??
Vous parlez systématiquement d'animaux domestiques et particulièrement des mammifères, ai je prononcé une seule fois ce mot ?
Je bosse depuis de nombreuses années sur un hermaphrodite (protandrie successif) ce qui ne me facilite pas la chose car je ne peux "mesurer" certains paramètres comme l'effet maternel mais qui pourraient vous aider à comprendre certains "effets consanguins" chez vos animaux de compagnie de plus je consulte assez régulièrement de la documentation sur les reptiles ainsi que l'avis de certains de vos "spécialistes" avec qui je vais souvent en forêt.
Donc encore une fois de plus même dans le cadre d'un élevage "d'agrément" vous devez suivre votre lignée et mesurer votre consanguinité sinon vous n'êtes que dans des suppositions "stériles" qui ne vous permettrons d'avancer.
Ce n'est pas un reproche simplement une constatation.
Bon gwal pour relancer tes calculs voici un "vieux" texte sur les "pleins frères" tu vas voir que les combinaisons sont multiple.
Bonne lecture

http://www.biomedcentral.com/content/pdf/1297-9686-6-3-345.pdf

A+

C'est clair qu'il va falloir qu'on s'explique. Soit on a affaire à 25 couples totalement vierges de toute consanguinité au départ. Soit on a affaire à à 25 couples présentant une consanguinité golbale avoisinant les 20%, et dans ce cas il est impossible de ne rien aggraver.

Dans le premier de ces cas, on a une extinction des lignées particulières en 5 générations. Ce qui permet une consanguinité voisine de 0 pendant 5 générations, et que l'on peut maintenir au rang 8, c'est à dire une consanguinité globale de 0,4% (0,30625% pour être exact) avec un simple suivi d'élevage, et dans ce cas avoir des valeurs de 20% c'est être une quiche absolue

Dans le deuxième des cas, 1/5 des croisements du premier cas sont invalides, et même en connaissant le statut génétique exact de chaque individu, l'extinction se fait en moins de 3 générations. On a alors au mieux une consanguinité de rang 5, c'est-à-dire un accroissement logarithmique des tares et de la consanguinité jusqu'au maximum d'homozygotie (selon la prévalence de la tare) .

Donc il faudra que tu m'explique de quoi tu parles exactement (sachant que dans ces deux situations je parle bien sûr en cas de suivi RIGOUREUX DE TOUS LES INDIVIDUS DE LA POPOULATION, avec un accès plein et entier à tous les individus, puisqu'à partir d'un certain moment il faut pouvoir dire "je veux un individu de tel sexe issu absolument de TEL croisement".
Ce qui, convenons en, est totalement impossible tant que l'on aura pas un studbook universel de l'espèce voulue .

Et là, je ne parle que d'espèces à forte prolificité comme les reptiles. Ce genre de calcul est tout-à-fait biaisé si l'on parle de mammifères.

Je vais te reciter quand même:

Citation :

Donc encore une fois de plus même dans le cadre d'un élevage "d'agrément" vous devez suivre votre lignée et mesurer votre consanguinité sinon vous n'êtes que dans des suppositions "stériles" qui ne vous permettrons d'avancer.

Je suis entièrement d'accord, et le but de mon post ici était justement de sensibiliser chacun sur la crucialité du suivi généalogique.

Citation :

Ce n'est pas un reproche simplement une constatation.

Je sais, et justement je ne le prends pas mal jusqu'ici, c'est en discutant qu'on peut avancer.

Par contre je ne saurais cacher que je suis quelque peu déçu du lien que tu nous affiche en-dessous.
Bien qu'étant flatté que tu fasses appel à ce cher Professeur Hanset, je ne peux m'empêcher de te faire remarquer que :
1) Ce texte date de 1974, il existe des versions un peu plus récentes, j'ai notamment eu le privilège d'étudier la génétique avec son très estimé disciple le Professeur Leroy, et je peux te dire qu'en 25 ans (puisque j'ai commencé à bosser là-dessus en 1999)il y en a eu des changements.
2) Toi qui nous reproches de faire allusion à tout sauf à des reptiles, tu nous cites un fondamental qui, tout comme mon discours, s'applique facilement à toute reproduction sexuée
3) Il n'y a dans ce texte aucune information ni aucun intérêt pour les conséquences de la consanguinité. Ce n'est ni plus ni moins qu'un article expliquant comment obtenir une lignée la plus homozygote possible à partir de croisements consanguins. Rien sur les tares associées et l'accroissement de celles-ci.
Comme je le disais, la génétique des populations a bien changé depuis 1974.

Et le seul lien que l'on puisse faire entre cet article et le sujet qui nous intéresse, c'est que l'application de ces méthodes a justement été faite jusque dans les années 1980-1990 à la race de bovins Blanc-Bleu-Belge par ledit professeur Hanset, et que cela a eu comme résultat de produire une race de bovins très producteurs de viande avec de nombreux problèmes comme :
- difficultés à se déplacer
- problèmes de langue trop grosse
- bassin trop étroit (100% de naissances par césarienne, en réalité proche de 98%)
- problèmes de syndactylie
- sensibilité accrue aux infections respiratoires
- sensibilité accrue aux infections juvéniles
- des performances de fertilité et de fécondité diminuées
- une durée de vie réduite de moitié par rapport aux Blanc-Bleu du Nord mixtes, qui ont donné naissance à cette race...
Beau palmarès.

Comme je l'ai dit plus haut, j'ai eu l'honneur et la souffrance de bosser la génétique quantitative avec Leroy pendant quelques années, et je m'en suis mangé du croisement et du blanc-bleu-belge.
Et je ne peux me départir de l'idée que ce lien n'a rien à voir avec la question qui nous intéresse, qu'il est juste là pour essayer d'en "mettre plein la vue" aux néophytes supposés que nous sommes. Et ça ne me plait pas, donc j'espère me tromper.

Et en l'occurence, si tu veux du reptiles, comme je le disais j'ai pu travailler avec des éleveurs et voir travailler avec des éleveurs sur une réduction de la consanguinité.
En ce qui me concerne, avec un élevage de 35 couples d'EM au Canada.
Aavant réduction : 17% de mortalité toutes causes confondues entre ponte et le 2ème mois de vie ; 35% si l'on inclue les deux premières années.
Après réduction : 2 et 5 % respectivement.
Je précise qu'après évaluation génétique on devait tourner à près de 12% de consanguinité au départ, avec une réduction à environ 2 % suite à des croisements et l'introduction de sang neuf (avec + ou - 2% de marge d'erreur).
Et globalement la même chose sur un élevage de 300 PR.

Je pense que c'est assez parlant.

EDIT Fenchurch : même chose, maintenant ton message apparaît, il y avait juste une espace en trop avant la balise de fermeture de l'url

Hé !

ça ne s'affiche pas alors je vais essayer en plusieurs morceaux :

Gwalchafed a écrit:

Je ne vois pas ton message mais quand on le cite il apparaît (et connaissant le fonctionnement habituel des foras dès que j'aurai répondu il sera lisible...

Chris NC a écrit:

Re,
Je dois vraiment mal m'exprimer et/ou nous ne parlons pas le même langage.
Quand je dis 25 couples, c'est que chaque reproducteur sélectionné pour une nouvelle série vient d'une famille dont la généalogie est parfaitement connue et contrôlée.
Tu relances tes calculs Gwal ??

Suite du msg de Chris :

Chris NC a écrit:

Vous parlez systématiquement d'animaux domestiques et particulièrement des mammifères, ai je prononcé une seule fois ce mot ?
Je bosse depuis de nombreuses années sur un hermaphrodite (protandrie successif) ce qui ne me facilite pas la chose car je ne peux "mesurer" certains paramètres comme l'effet maternel mais qui pourraient vous aider à comprendre certains "effets consanguins" chez vos animaux de compagnie de plus je consulte assez régulièrement de la documentation sur les reptiles ainsi que l'avis de certains de vos "spécialistes" avec qui je vais souvent en forêt.

Suite du msg

Chris NC a écrit:

Donc encore une fois de plus même dans le cadre d'un élevage "d'agrément" vous devez suivre votre lignée et mesurer votre consanguinité sinon vous n'êtes que dans des suppositions "stériles" qui ne vous permettrons d'avancer.
Ce n'est pas un reproche simplement une constatation.

Fin du msg de Chris :

Chris NC a écrit:

Bon gwal pour relancer tes calculs voici un "vieux" texte sur les "pleins frères" tu vas voir que les combinaisons sont multiple.
Bonne lecturehttp://www.biomedcentral.com/content/pdf/1297-9686-6-3-345.pdfA+

(Tout s'affiche si vous citez mon message blanc)....voici ma réponse

Gwalchafed a écrit:

Je ne vois pas ton message mais quand on le cite il apparaît (et connaissant le fonctionnement habituel des foras dès que j'aurai répondu il sera lisible...
(quote chris)

C'est clair qu'il va falloir qu'on s'explique. Soit on a affaire à 25 couples totalement vierges de toute consanguinité au départ. Soit on a affaire à à 25 couples présentant une consanguinité golbale avoisinant les 20%, et dans ce cas il est impossible de ne rien aggraver.

Dans le premier de ces cas, on a une extinction des lignées particulières en 5 générations. Ce qui permet une consanguinité voisine de 0 pendant 5 générations, et que l'on peut maintenir au rang 8, c'est à dire une consanguinité globale de 0,4% (0,30625% pour être exact) avec un simple suivi d'élevage, et dans ce cas avoir des valeurs de 20% c'est être une quiche absolue

Dans le deuxième des cas, 1/5 des croisements du premier cas sont invalides, et même en connaissant le statut génétique exact de chaque individu, l'extinction se fait en moins de 3 générations. On a alors au mieux une consanguinité de rang 5, c'est-à-dire un accroissement logarithmique des tares et de la consanguinité jusqu'au maximum d'homozygotie (selon la prévalence de la tare) .

Donc il faudra que tu m'explique de quoi tu parles exactement (sachant que dans ces deux situations je parle bien sûr en cas de suivi RIGOUREUX DE TOUS LES INDIVIDUS DE LA POPOULATION, avec un accès plein et entier à tous les individus, puisqu'à partir d'un certain moment il faut pouvoir dire "je veux un individu de tel sexe issu absolument de TEL croisement".
Ce qui, convenons en, est totalement impossible tant que l'on aura pas un studbook universel de l'espèce voulue .

Et là, je ne parle que d'espèces à forte prolificité comme les reptiles. Ce genre de calcul est tout-à-fait biaisé si l'on parle de mammifères.

Je vais te reciter quand même:

Citation :

Donc encore une fois de plus même dans le cadre d'un élevage "d'agrément" vous devez suivre votre lignée et mesurer votre consanguinité sinon vous n'êtes que dans des suppositions "stériles" qui ne vous permettrons d'avancer.

Je suis entièrement d'accord, et le but de mon post ici était justement de sensibiliser chacun sur la crucialité du suivi généalogique.

Citation :

Ce n'est pas un reproche simplement une constatation.

Je sais, et justement je ne le prends pas mal jusqu'ici, c'est en discutant qu'on peut avancer.

Par contre je ne saurais cacher que je suis quelque peu déçu du lien que tu nous affiche en-dessous.
Bien qu'étant flatté que tu fasses appel à ce cher Professeur Hanset, je ne peux m'empêcher de te faire remarquer que :
1) Ce texte date de 1974, il existe des versions un peu plus récentes, j'ai notamment eu le privilège d'étudier la génétique avec son très estimé disciple le Professeur Leroy, et je peux te dire qu'en 25 ans (puisque j'ai commencé à bosser là-dessus en 1999)il y en a eu des changements.
2) Toi qui nous reproches de faire allusion à tout sauf à des reptiles, tu nous cites un fondamental qui, tout comme mon discours, s'applique facilement à toute reproduction sexuée
3) Il n'y a dans ce texte aucune information ni aucun intérêt pour les conséquences de la consanguinité. Ce n'est ni plus ni moins qu'un article expliquant comment obtenir une lignée la plus homozygote possible à partir de croisements consanguins. Rien sur les tares associées et l'accroissement de celles-ci.
Comme je le disais, la génétique des populations a bien changé depuis 1974.

Et le seul lien que l'on puisse faire entre cet article et le sujet qui nous intéresse, c'est que l'application de ces méthodes a justement été faite jusque dans les années 1980-1990 à la race de bovins Blanc-Bleu-Belge par ledit professeur Hanset, et que cela a eu comme résultat de produire une race de bovins très producteurs de viande avec de nombreux problèmes comme :
- difficultés à se déplacer
- problèmes de langue trop grosse
- bassin trop étroit (100% de naissances par césarienne, en réalité proche de 98%)
- problèmes de syndactylie
- sensibilité accrue aux infections respiratoires
- sensibilité accrue aux infections juvéniles
- des performances de fertilité et de fécondité diminuées
- une durée de vie réduite de moitié par rapport aux Blanc-Bleu du Nord mixtes, qui ont donné naissance à cette race...
Beau palmarès.

Comme je l'ai dit plus haut, j'ai eu l'honneur et la souffrance de bosser la génétique quantitative avec Leroy pendant quelques années, et je m'en suis mangé du croisement et du blanc-bleu-belge.
Et je ne peux me départir de l'idée que ce lien n'a rien à voir avec la question qui nous intéresse, qu'il est juste là pour essayer d'en "mettre plein la vue" aux néophytes supposés que nous sommes. Et ça ne me plait pas, donc j'espère me tromper.

Et en l'occurence, si tu veux du reptiles, comme je le disais j'ai pu travailler avec des éleveurs et voir travailler avec des éleveurs sur une réduction de la consanguinité.
En ce qui me concerne, avec un élevage de 35 couples d'EM au Canada.
Aavant réduction : 17% de mortalité toutes causes confondues entre ponte et le 2ème mois de vie ; 35% si l'on inclue les deux premières années.
Après réduction : 2 et 5 % respectivement.
Je précise qu'après évaluation génétique on devait tourner à près de 12% de consanguinité au départ, avec une réduction à environ 2 % suite à des croisements et l'introduction de sang neuf (avec + ou - 2% de marge d'erreur).
Et globalement la même chose sur un élevage de 300 PR.

Je pense que c'est assez parlant.

juste pour dire que c'est surtout moi qui parles de mammifères, car c'est quand-même sur ce groupe qu'on a le plus tenté de créer des races - donc une consanguinité voulue et prétendument maîtrisée.

Chris NC a écrit:

Donc encore une fois de plus même dans le cadre d'un élevage "d'agrément" vous devez suivre votre lignée et mesurer votre consanguinité sinon vous n'êtes que dans des suppositions "stériles" qui ne vous permettrons d'avancer.

Je vous rejoins toi et Gwalchafed évidemment sur le fait qu'il faut suivre sa lignée au mieux (et je ne vois pas qui a dit le contraire? ) bien sûr même dans le cadre d'un élevage d'agrément ! Le problème est qu'on ne peut pas mesurer la consanguinité dnas nos élevages (car cette donnée n'est pas connue à la base ! pour les ciliatus, on sait qu'elle est supérieure à zéro... et sans doute assez forte, mais combien ? Donc en l'absence de cette donnée capitale, impossible de penser à faire des sélections en vue de fixer des caractères... ce serait réellement jouer à l'apprenti sorcier - et malheureusement certains le font...
Je ne voulais dire que ceci
A+
Fenchurch

(J'arrive pas à faire tout apparaître d'un coup plus haut)...

Personnellement je pense que pour repartir sur des bases saines il vaut mieux essayer de commencer, et de ne pas faire reproduire deux individus ayant au moins un arrière grand parent commun si on le peut....et essayer de passer le mot. Il y avait un site de studbook européen de reptiles je vais essayer de retrouver le lien, et le faire passer....

juste au passage : il est probable que vos messages ne s'affichent pas à cause d'un mauvais usage d'un lien internet (balise [URL] mal fermée, avec un espace etc...) je vais regarder un peu
A+
Fenchurch

voilà, c'était bien une balise de fermeture qui manquait dans le message de Chris, et une espace superflue avant cette balise (que Gwl avait dû rajouter) dans le message de Gwalchafed
A+
Fenchurch

Gwal,
J'ai répondu à ton message origine non pas pour polémiquer, mais pour essayer de faire "avancer" un peu ce débat .
Le lien n'est pas là pour "impressionner" qui que ce soit mais encore une fois pour en débattre et je trouve ta remarque un peu déplacée .
Dans mon domaine je lis certains auteurs et je commence par m'intéresser à la maintenance des animaux et si je constate qu'il y a des incohérences dans l'élevage lui même c'est que le résultat est faussé. Crois moi ces auteurs sont pléthore dans mon domaine. Concernant les pionniers qui ont publiés dans le domaine des animaux domestique on peut s'appuyer dessus c'est tout mais je ne peux que te rejoindre sur le fait que chaque espèce est différente et si tu parles de grande prolificité alors nous sommes sur la même "longueur d'onde" vu que les miens c'est des pontes de 150/200 par reproducteur.
Pour conclure, sur le fond je suis d'accord avec vous mais sur le forme au risque de me répéter et sans tabous la consanguinité peut être utilisée dans le cadre d'une sélection bien précise et/ou d'une "amélioration" génétique.
Point final pour moi.
Cordialement.
PS: Le nombre officiel des R. Cilatus importés légalement d'ici était de 35 donc le reste n'est que fraude.

Chris NC a écrit:

Pour conclure, sur le fond je suis d'accord avec vous mais sur le forme au risque de me répéter et sans tabous la consanguinité peut être utilisée dans le cadre d'une sélection bien précise et/ou d'une "amélioration" génétique.

On est sans doute d'accord, avec pour ma part une réserve sur la gestion des tares liées à un caractère intéressant que l'on fixe...
A+
Fenchurch

Pour moi cela reste un trop gros risque pour l'espèce.

En soit, tu n'aurais peut-être pas tort. Simplement l'expérience, que ce soit en mammifères ou en oiseau montre clairement que quand on parle de croisements consanguins restreints à quelques cas, une minorité d'éleveurs en font un peu, et le reste beaucoup, avec les dérives que l'on connait, cela va du Bouledogue français en allant au canari en passant par le Landrace et le Poulet de Bresse...

Sans compter que ça multiplie largement le taux de tares dans la descendance. Parce que mon calcul est absolument juste, ou alors la génétique quantitative doit être revue depuis la meïose...