Consanguinité 2, le retour

Salut à tous. Suite à un post récent dans mon vieux "Consanguinité et Conséquences génétiques" sur LMDR, j'ai reçu des MP de demandes d'explications et je m'aperçois qu'à l'époque, tout à ma discussion (épique!) technique sur un fil précédent, j'avais posté la démonstration en matière de génétique de population sans guère mettre le discours à portée ou donner de réelles explications simples (car la consanguinité, c'est simple). J'y remédie aujourd'hui ; notez tout de même que pour comprendre ce que je vais poster aujourd'hui, il faut avoir une connaissance de base de l'hétérozygotie, la dominance, etc...

En quoi c'est dangereux, la consanguinité ?
Tout d'abord, il faut bien comprendre que l'ADN d'un individu dépend des gènes transmis par ses parents, lesquels gènes sont "dupliqués" à chaque fois qu'un gamète (une cellule sexuelle) est produit. Il y a donc une protéine qui "refabrique" un adn à partir de l'ADN des parents ; et, lors de cette "refabrication", il y a assez fréquemment des erreurs qui sont faites (selon les estimations, disons environ tous les millions de paire de bases - chez les tétrapodes comme les reptiles, un génome complet c'est entre 1000 et 100000 MILLIONS de ces paires de bases). Oui, vous avez bien lu, il y a probablement entre 1000 et 100.000 erreurs produites chez un seul des parents à chaque production de cellule sexuelle (je simplifie un peu, car en fait certaines cellules sont produites à la chaîne, avec le même génome mais également les mêmes erreurs). Et, ce, parthénogénèse ou pas. Par la suite, une erreur sur 10.000 environ va être corrigée, les autres s'exprimeront. Elles peuvent induire la mort de l'oeuf ou de l'embryon (ça donne des slugs), elles peuvent influencer sa taille, sa couleur, sa résistance aux maladies, donner des malformations, etc...
Le corollaire de tout ça c'est que chaque individu est porteur de pas mal de mutations sur les gènes transmis par sa mère ou son père, et que ces mutations, si elles sont dominantes, ont des conséquences rapides et s'éliminent rapidement, tandis que si elles sont récessives, vont se transmettrent tout au long de chaque lignée et ne s'exprimeront que très peu. Ainsi, chez les humains par exemple, il a été estimé que chaque humain porte environ 3 à 4 tares mortelles, et environ 10.000 mutations invalidantes, allant de la myopie congénitale à la mucoviscidose en passant par les gènes de sensibilité à certains cancers, etc...

Tout ça, c'est bien beau, mais en quoi ça concerne la consanguinité, me direz-vous.

C'est assez simple, en fait. Prenons une tare récessive quelconque, qui n'est présente dans le génome que de, par exemple, 1 individu sur 1000000. Tout le monde en a. Prenons un individu porteur (et non atteint) dont les gène sont Tt, à savoir T gène normal, t gène récessif atteint. S'il s'accouple avec un autre individu de la même portée, que va-t-il se passer ?
Sachant qu'il est porteur, un de ses parents au moins est porteur, et il a une chance sur un million que ses deux parents soient porteurs - mais oublions cette chance sur un million, pour ne pas compliquer le calcul...même si elle aggrave les choses.
Si un des parents est porteur, ce parent a une chance sur deux de transmettre T à ses enfants, et une chance sur deux de transmettre t. Donc les individus de la même portée ont une chance sur deux d'être porteur...
L'accouplement entre les deux donne donc naissance à une "sous-population" de serpents qui a bien plus de chance d'être porteur, voire atteint, de cette tare que la population normale puisque chez celle-ci on a une chance sur 1 million d'être porteur, et une chance sur un million de millions d'être atteint, tandis que les enfants de ce nouvel accouplement auront une chance sur deux d'être porteur, une chance sur quatre d'être atteint.
Et c'est comme ça pour TOUTES les tares qu'un individu peut porter.

Le calcul général, non pas pour un cas particulier comme expliqué ci-dessus, mais pour la population et les conséquences se trouve ici : http://forum.le-monde-des-reptiles.com/topic/55046-consanguinit%C3%A9-et-cons%C3%A9quences-g%C3%A9n%C3%A9tiques/. vous y lires aussi qu'il faut des centaines de croisements hors de cette lignée pour revenir à la situation antérieure (ce qui est logique, si vous reprenez l'exemple ci-dessus avec des cousins descendants de ce premier croisement et que vous arrivez à faire revenir à 1/1000000 les chiffres, vous êtes très fort - et vous comprendrez aussi pourquoi lorsqu'il y a des phases, celles-ci influencent les croisements que l'on fait par la suite et empêchent définitivement ce retour.

D'accord, mais dans la nature, il y a plein de consanguinité aussi !
Il y en a parfois, oui. Plein, non. La nature contre les effets de la consanguinité de deux manières. Premièrement, il existe une multitude de stratégies d'évitement de la consanguinité qui fait que s'accoupler avec un individu de la même portée est rare, voire extrêmement rare. Vous avez un excellent résumé de ces stratégies dans le règne animal ici : http://www2.sophia.inra.fr/perso/fauvergue/students/chuine10a.pdf. Pour ceux qui veulent aller plus loin chez les reptiles, la bibliographie donne une série d'excellents bouquins sur le sujet. Ces stratégies de reconnaissance et d'évitement font qu'en fait même dans les milieux insulaires il est impossible à un reptile de s'accoupler avec un individu issu des mêmes parents, sauf s'il s'agit du seul partenaire disponible sur plusieurs centaines de kilomètres carrés, voire plus. Ce qui fait qu'en un seul croisement entre frères et soeurs de la même portée, la consanguinité et l'accroissement de la fréquence des tares est pire que dans tous les milieux naturels connus.
Ensuite, la nature a la fâcheuse tendance à éliminer tout individu déficient. Tout individu taré sera donc impitoyablement éliminé au plus tôt...La conséquence de ceci est la création, lorsqu'il n'y a pas d'autre moyen, de lignées "pures", quasi identiques génétiquement, comme par exemple chez les rats-taupes.

Ben on a qu'à faire comme ça alors
Eh oui, mais le malheur dans l'histoire, c'est qu'on ne peut pas. d'abord, au point de vue éthique, éliminer un animal parce qu'il est moins "bien" qu'un autre, quand on le suggère on se fait huer (voir le fil ci-dessus). Ensuite, cela suppose que l'on peut voir TOUTES les tares, or une malformation, oui cela se voit, mais une sensibilité à une maladie ? En milieu naturel les animaux plus sensibles sont rapidement confrontés à des problèmes, ou alors si cette tare les handicape d'une autre manière (durée de vie moins longue, etc...), eh bien tout simplement ils se reproduiront moins souvent ou moins longtemps que les autres, et leurs gènes disparaîtront complètement en quelques générations. En milieu captif et (presque) aseptisé, comment savoir si tel lézard est plus susceptible d'attrapper des coccidies ? Si tel Morelia fera plus facilement du paramyxo ? Si tel regius attrapera plus vite de l'IBD ?
Enfin, autre grand malheur avec cette théorie : si l'individu taré a de jolies couleurs, aucun éleveur ne voudra l'éliminer. Témoin les individus "kinks" ou autres... De plus il faut éliminer tous les animaux atteints, mais également les porteurs de la même lignée, dans l'idéal ? Vous avez déjà vu un éleveur baquer une portée de phasés ? C'est comme ça qu'on se retrouve avec des regius spider wobbler...Des éleveurs qui ont des portées composées aux 3/4 de slugs, on en voit, mais c'est pas pour ça qu'ils éliminent le 1/4 qui reste ou les parents. Il est donc IMPOSSIBLE d' "épurer" les tares comme en milieu naturel.

Tout ça, c'est bien beau, mais comment on fait pour éviter la consanguinité quand on est contre les prélèvements en milieu naturel ?
Moins les individus sont proches, moins l'effet de la consanguinité est marqué. Il suffit donc de ne jamais accoupler deux individus ayant au moins un arrière-grand-parent commun (ou plus proche, bien sûr). Les calculs montrent que quelques centaines d'individdus de départ permettent de ne pas augmenter la consanguinité et de fonctionner indéfiniment en circuit fermé.
A partir de là, soit vous êtes dans les espèces communes (genre éleveur de regius et vous vous foutez joyeusement de la gueule du monde avec une question pareille, soit vous fonctionnez avec une espèce REELLEMENT rare, et là, si c'est VRAIMENT impossible, au moins essayez de fonctionner à consanguinité minimum (sachant que quelques centaines de spécimens, les espèces pour lesquelles c'est vraiment le cas se comptent sur les doigts de deux mains au max...si j'avais eu un euro pour chaque fois qu'on m'a dit qu'il n'y en avaient pas assez et où les quotas cites indiquent plusieurs milliers d'individus prélevés par an, je serai presque millionaire).

Ta solution, alors c'est quoi ?
1) inscrire ses animaux sur www.studbooks.eu
2) communiquer autour de soi sur le sujet
3) arrêter de traiter les animaux comme des pommes, mais comme des individus
4) arrêter de reproduire des boas, regius, etc...qui font des slugs en grande quantité, et ce, MEME s'ils sont jolis...et se vendent cher

Et enfin, enfin, je le dis à tous les coups, mais ça vaut la peine de le redire : si on veut faire de la consanguinité, on assume les conséquences et on le sait. Moi ce qui me dérange le plus ce n'est pas les gens qui n'y font pas attention, c'est ceux qui prétendent que ça n'existe pas ou que ça n' a pas d'incidence. Chacun ses choix, mais clamer encore qu'un croisement consanguin n'a pas de conséquences, c'est idiot en plus d'être irresponsable. De même ceux qui disent qu'ils font une F1 consanguine, puis plus du tout donc ça n'est pas de la consanguinité/sans conséquences....

EDIT : Question de Dr Lolo : Et si une espèce en captivité est de statut inconnu, mais probablement très consanguine ?

Pour tes crotas, il faut bien comprendre que si tu mets en place le suivi indiqué ci-dessus sur une population déjà fortement consanguine, le simple fait de ne pas croiser entre cousins issus d'un même arrière-grand-parent commun va progressivement "lisser" les probabilités pour les faire tendre vers le bas, sur, peut-être, plusieurs dizaines de générations si la consanguinité est forte, mais cela vaut la peine car cela va quand même baisser progressivement bien que lentement le taux de tares...

Un peu, pour prendre une comparaison plus simple, comme si tu lançais un dé à 8 faces plein de fois. Tu obtiens un tas de résultats entre 1 et 8. Si tu te mets à lancer un dé à 6 faces à la place, progressivement tu auras bien plus de résultats entre 1 et 6...et les résultats 7 et 8 vont être de plus en plus minoritaires, et finalement ils constitueront une part marginale des résultats. Après, plus tu auras lancé le d8, plus il faudra de lancers de d6 pour les eclipser, car il faudra que ceux-ci soient en énorme majorité, mais ce qui va se passer c'est que finalement tu auras 99,99% de résultats entre 1 et 6. Tu vois ce que je veux dire ?

Voici un lien vers une étude qui met (entre autres) en lien l'hétérozygotie (et donc le minimum de consanguinité) et la résistance aux parasite chez les mâles de lézards Takydromus viridipunctatus, un lacertidé. C'est un bel exemple de ce qui serait chez des animaux consanguins une sensibilité qui ne se voit pas à la naissance et est donc impossible à éradiquer par la suite : http://www.academia.edu/4073973/Sex-Specific_Correlations_of_Individual_Heterozygosity_Parasite_Load_and_Scalation_Asymmetry_in_a_Sexually_Dichromatic_Lizard

Merci Gwal !  

Je vais relire et relire ça à tête reposé....

Je re-pos-it évidemment et je transfère le topic dans la même rubrique que le premier sujet sur la consaguinité.  

Une vidéo amusante pour ceux qui comprennent l'anglais, sur les chiens :https://video-cdg2-1.xx.fbcdn.net/hvideo-xtp1/v/t42.1790-2/11136068_10152861636662807_1372701504_n.mp4?efg=eyJybHIiOjY1OCwicmxhIjoxODAyfQ%3D%3D&rl=658&vabr=366&oh=512d2d4c22a2258b059ac5a37b4b2f1d&oe=55B1078A

Gwalchafed a écrit:

Une vidéo amusante pour ceux qui comprennent l'anglais, sur les chiens :https://video-cdg2-1.xx.fbcdn.net/hvideo-xtp1/v/t42.1790-2/11136068_10152861636662807_1372701504_n.mp4?efg=eyJybHIiOjY1OCwicmxhIjoxODAyfQ%3D%3D&rl=658&vabr=366&oh=512d2d4c22a2258b059ac5a37b4b2f1d&oe=55B1078A

Je sais pas pour vous mais moi j'ai ça :

FACEBOOK a écrit:

Sorry, something went wrong.

We're working on it and we'll get it fixed as soon as we can